Fratta Polesine è nota per lo più grazie a Villa Badoer, opera di Andrea Palladio (1570) e patrimonio dell’umanità dell’UNESCO.

Fratta è conosciuta anche per la vicenda dei Carbonari della Fratta, per essere il paese natale di (e dove sono avvenuti i funerali ed è sepolto) Giacomo Matteotti e per il villaggio e le necropoli di Frattesina, uno dei più importanti siti protostorici europei.
Fratta è situata nella parte medio occidentale del Polesine ed è attraversata dal fiume Scortico. Nei pressi del borgo Pizzon, lo Scortico si immette nel Canal Bianco che segna il confine sud del territorio comunale e bagna la frazione di Paolino. A nord, confinante con il comune di Villanova del Ghebbo e di Lendinara, si trova la frazione di Ramedello. Verso il confine con Villamarzana si trova la Frattesina, zona di scavi archeologici nella seconda metà del ‘900.
Intorno al 1967 vennero effettuati, in località Frattesina, i primi ritrovamenti archeologici, soprattutto ceramici e ossei, relativi ad un insediamento protovillanoviano. Nel fondo Gabriele-Casari, sono state condotte 11 campagne di scavo tra gli anni 1974 e 1989 sotto la direzione di Anna Maria Bietti Sestieri. Ricerche di superficie e prospezioni, sulla base di dati acquisiti con teleosservazione, sono ripresi nel 2014.

Nel 2005, durante i lavori consortili per il “Completamento del riordino idraulico del bacino Valdentro” sono stati portati alla luce, in località Narde, numerosi reperti attribuiti a una vasta necropoli dell’XI – IX secolo a.C.

I tesori emersi dagli scavi sono visibili nel museo archeologico nazionale di Fratta Polesine, presso le barchesse di Villa Badoer.
Le prime notizie storiche risalgono al 1054 quando il Vescovo di Adria, Benedetto I, ottenne il feudo comprendente, tra gli altri, anche il territorio di Fratta Polesine, allora nota con il nome di Villa Comedati. Nel 1104 i Vescovi vi costruirono un Castello (Castello della Fratta), attorno al quale si svolsero lotte terribili per il suo possesso tra i Vescovi, i Veronesi e gli Estensi. Distrutto e riedificato più volte, passò infine nelle mani dei Pepoli; gli ultimi resti del castello scomparvero definitivamente al principio del XIX secolo.

Nel 1395 Fratta passò sotto la Repubblica di Venezia e vi rimase fino al Trattato di Campo Formio del 1797. Durante tutto il periodo passato sotto la Repubblica di Venezia, Fratta ricevette un’attenzione particolare da parte dei Nobili Veneziani, che la scelsero come luogo di villeggiatura estiva. A Fratta, infatti, sorgono numerosissime ville venete tra le quali spicca la “Badoera”, costruita nel 1570 dall’architetto Andrea Palladio.
Il 19 maggio 1797 viene costituita la municipalità di Fratta con Ramedello e Gognano, che entra a far parte del Polesine di Rovigo e Adria nel Dipartimento di Padova.

Nel 1801, con la nascita della Repubblica Cisalpina, la municipalità di Fratta viene inclusa nel X° Dipartimento del Basso Po, con capoluogo Ferrara, comprendente i distretti di Ferrara, Comacchio e Rovigo.

Con il Congresso di Vienna e l’istituzione del regno lombardo – veneto Fratta passa, dopo il breve periodo napoleonico, sotto la dominazione austriaca e vi rimane fino al 1866.

Nel 1818 si assisteva alla tragedia dei Carbonari della Fratta, primo esempio di repressione da parte austriaca delle aspirazioni alla libertà e all’emancipazione nazionale.

A ricordare il sacrificio dei Carbonari, nel 1867, venne eretto un monumento, opera dello scultore veronese Grazioso Spazzi, e primo nel Veneto liberato.

Con l’annessione del Veneto al neonato Regno d’Italia, costituitosi il 17 marzo 1861, il 4 novembre 1866 anche Fratta diventa italiana con regio decreto n. 3300 in seguito al plebiscito che si è tenuto a Fratta il 21 ottobre con 762 votanti che si esprimono all’unanimità per l’annessione.

Nel 1867 Fratta assume il nome di Fratta Polesine per distinguersi da altri comuni omonimi.

Nel 1885 nasce a Fratta Polesine Giacomo Matteotti, uomo politico socialista e parlamentare, ucciso dai fascisti il 10 giugno 1924 per aver denunciato i brogli elettorali di Mussolini. Il primo e più noto martire del fascismo venne sepolto nel cimitero comunale dopo un solenne funerale pubblico celebrato nella chiesa parrocchiale.

Durante l’occupazione Nazista, nel territorio frattense hanno operato diversi gruppi partigiani con azioni di sabotaggio della linea ferroviaria e dei convogli nazifascisti.

Il 2 febbraio 2011 Fratta ha acquisito ufficialmente il titolo onorifico di città concesso dal Presidente della Repubblica Giorgio Napolitano.

Nel dicembre 2017 a seguito dell’approvazione di Camera e Senato e la promulgazione da parte del Presidente della Repubblica Sergio Mattarella, la Casa Museo Giacomo Matteotti è riconosciuta Monumento Nazionale.