Il toponimo è composto di villanova (da villa) e Ghebbo, che riflette la voce veneta “ghebo”, ‘canale’. Recenti scavi archeologici, effettuati nei pressi di Fratta Polesine, hanno fatto ipotizzare un’origine preistorica anche per Villanova del Ghebbo. Nell’VIII secolo fu costruita la chiesetta di San Zenone, in località Valdentro, da cui il nome Villanova San Zenone. La chiesa, distrutta da un’alluvione dell’Adige, fu ricostruita lungo le rive dell’Adigetto, formatosi da una filiazione dell’Adige, nell’undicesimo secolo. 

Successivamente, nel XII secolo, i ferraresi cedettero San Zenone ai veronesi, i quali costruirono un castello in località Gazzo o Ghebbo, che prendeva il nome dall’omonimo corso d’acqua: da qui il nome di Gazzo. Ha assunto l’attuale denominazione dal XVI secolo, avendo precedentemente acquisito il nome Villanova, come risulta da documenti inerenti un’adunanza del clero e risalenti al XIV secolo. Agli inizi del Duecento i mantovani si impadronirono del castello, che fu in seguito distrutto da Ezzelino III da Romano, nominato podestà di Verona. Da allora, Villanova seguirà le vicende di Lendinara; diverrà comune autonomo solo dopo Campoformio, ma delle sue vicende si sa poco perché quando infierirono le vicende napoleoniche, ai primi dell’Ottocento, gli archivi municipali furono distrutti.